ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΤΟΠΙΚΩΝ ΚΑΙ ΓΕΝΙΚΩΝ ΕΛΑΧΙΣΤΩΝ ΜΗ ΓΡΑΜΜΙΚΩΝ ΣΥΝΑΡΤΗΣΕΩΝ. ΕΦΑΡΜΟΓΗ ΣΕ ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΜΟΡΙΩΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΣΗΜΑΣΙΑΣ.

Abstract

A PERFECTLY SCALABLE,DISTRIBUTED,STOCHASTIC METHOD,FOR CONFORMATIONAL SARCHING OF SMALL FLEXIBLE MOLECULES,IS PRESENTED.THE METHOD USES MOLECULAR MECHANICS FORCE FIELDS AND IS BASED ON A HYBRID,PROGRAMMABLE OPTIMIZATION ENVIRONMENT, THAT ALLOWS THE DEVELOPMENT OF COMPLEX CONFORMATIONAL SEARCH STRATEGIES.IT IS DEMONSTRATED THAT THIS APPROACH CAN EASILY OUTPERFORM EXISTING PROCEDURES.USING MM2 AS THE FORCE FIELD THE METHOD IS APPLIED TO TRIACETIN,TRIBUTYRIN,AND A TRIACETIN-WATER SUPERMOLECULAR SYSTEM.WE FOUND 108 CONFORMERS OF TRIACETIN AND 2184 OF TRIBUTYRIN WITHIN 3KCAL/MOL FROM THEIR RESPECTIVE GLOBAL MINIMA. THE PRESENCE OF WATER AROUND THE TRIACETIN MOLECULE,REDUCES ITS CONFORMATIONAL FLEXIBILITY,THIS PRODUCING A RIGID STRUCTURE.

ΠΑΡΟΥΣΙΑΖΕΤΑΙ ΜΙΑ ΠΛΗΡΩΣ ΚΛΙΜΑΚΟΥΜΕΝΗ,ΚΑΤΑΝΕΜΗΜΕΝΗ,ΣΤΟΧΑΣΤΙΚΗ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΟ ΤΩΝ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΩΝ ΧΑΜΗΛΗΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ,ΜΙΚΡΩΝ ΕΥΚΑΜΠΤΩΝ ΜΟΡΙΩΝ.Η ΜΕΘΟΔΟΣ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΕΙ ΔΥΝΑΜΙΚΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ ΚΑΙ ΒΑΣΙΖΕΤΑΙ ΣΕ ΕΝΑ ΥΒΡΙΔΙΚΟ, ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΙΜΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΕΛΑΧΙΣΤΟΠΟΙΗΣΗΣ ΠΟΥ ΕΠΙΤΡΕΠΕΙ ΤΗΝ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΣΥΝΘΕΤΩΝ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΩΝ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΙΑΚΗΣ ΑΝΑΖΗΤΗΣΗΣ.ΟΠΩΣ ΕΠΙΔΕΙΚΝΥΕΤΑΙ,Η ΜΕΘΟΔΟΣ ΥΠΕΡΕΧΕΙ ΑΛΛΩΝ ΓΝΩΣΤΩΝ ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΩΝ.ΜΕ ΧΡΗΣΗ ΤΟΥ ΜΜ2 ΩΣ ΠΕΔΙΟΥ ΔΥΝΑΜΕΩΝ Η ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΕΦΑΡΜΟΖΕΤΑΙ ΣΤΗΝ ΤΡΙΑΚΕΤΙΝΗ,ΤΗΝ ΤΡΙΒΟΥΤΥΡΙΝΗ,ΚΑΙ ΣΕ ΕΝΑ ΥΠΕΡΜΟΡΙΑΚΟ ΣΥΣΤΗΜΑ ΤΡΙΑΚΕΤΙΝΗΣ -ΝΕΡΟΥ.ΒΡΕΘΗΚΑΝ 108 ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΡΙΑΚΕΤΙΝΗΣ ΚΑΙ 2184 ΤΡΙΒΟΥΤΥΡΙΝΗΣ, ΣΕ ΕΝΕΡΓΕΙΑΚΗ ΑΠΟΣΤΑΣΗ 3KCAL/MOL ΑΠΟ ΤΑ ΑΝΤΙΣΤΟΙΧΑ ΚΑΘΟΛΙΚΑ ΤΟΥΣ ΕΛΑΧΙΣΤΑ.Η ΠΑΡΟΥΣΙΑ ΤΟΥ ΝΕΡΟΥ ΓΥΡΩ ΑΠΟ ΤΟ ΜΟΡΙΟ ΤΗΣ ΤΡΙΑΚΕΤΙΝΗΣ ΕΛΑΤΤΩΝΕΙ ΤΗ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΙΑΚΗ ΤΗΣ ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ,ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ ΜΙΑ ΙΔΙΑΙΤΕΡΑ ΣΤΑΘΕΡΗ ΔΟΜΗ.