A proteomic study in the investigation of prostate cancer

Abstract

The mechanisms of prostate cancer progression are not fully elucidated.• FFPE tissues are valuable resources for proteomic analysis but they are associated with large technical limitations due to protein-crosslinking.• This study at first is focused on the development of a reliable protocol for the proteomic analysis of clinical FFPE samples to investigate prostate cancer.• Analysis of FFPE and matched FF tissues with the optimized protocol by LC-MS/MS showed strong correlation in protein abundances• A pilot study then, was designed to explore the reliability of the optimized protocol in the context of PCa• The results highlighted relevant pathways significantly deregulated between PCa and benign tissues which are consistent with published reports• This study presents a reliable, simple and fast protocol for proteomics analysis of clinical PCaFFPE tissues• The method is reproducible and applicable to a limited amount of tissue hence of potential multiple applications.

Οι μηχανισμοί εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη δεν έχουν διευκρινιστεί πλήρως. • Οι ιστοί FFPE είναι πολύτιμοι πόροι για πρωτεομική ανάλυση, αλλά συνδέονται με μεγάλους τεχνικούς περιορισμούς λόγω της διασταύρωσης πρωτεϊνών. • Αυτή η μελέτη αρχικά επικεντρώνεται στην ανάπτυξη ενός αξιόπιστου πρωτοκόλλου γιατην πρωτεομική ανάλυση κλινικών δειγμάτων FFPE για τη διερεύνηση του καρκίνου του προστάτη. • Η ανάλυση του FFPE και των αντιστοιχισμένων ιστών FF με το βελτιστοποιημένο πρωτόκολλο με LC-MS/MS έδειξε ισχυρή συσχέτιση στην αφθονία πρωτεϊνών • Στη συνέχεια, σχεδιάστηκε μια πιλοτική μελέτη για τη διερεύνηση της αξιοπιστίας του βελτιστοποιημένου πρωτοκόλλου στο πλαίσιο του PCa • Τα αποτελέσματα τόνισαν σχετικές οδούς σημαντικά απορυθμισμένες μεταξύ PCa και καλοήθων ιστών, οι οποίες είναι σύμφωνες με τις δημοσιευμένες αναφορές • Αυτή η μελέτη παρουσιάζει ένα αξιόπιστο, απλό και γρήγορο πρωτόκολλο για πρωτεομική ανάλυση κλινικών ιστών PCa FFPE • Η μέθοδος είναι αναπαραγώγιμη και εφαρμόσιμη σε περιορισμένη ποσότητα ιστού, επομένως πιθανές πολλαπλές εφαρμογές.