Δημιουργία ενός expert πληροφοριακού συστήματος για την γρήγορη αναγνώριση της σχέσης μεταξύ γενετικών πολυμορφισμών και νοσημάτων

Abstract

In order to reveal changes over time, cumulative meta-analysis uses a methodical technique rather than a statistical one. Cumulative meta-analysis includes repeated meta-analyses over time of newly published studies on the research question. This means that a meta-analysis is carried out each time a new study is published, and the pooled estimates and confidence intervals of all meta-analyses are graphically displayed in chronological order. In this way, retrospectively it is possible to determine the point in time from which a statistically significant effect becomes apparent.Recursive cumulative meta-analysis calculates the relative change in cumulative pooled OR for each publishing year (cumulative OR in next year divided by cumulative OR in current year). As a result, recursive cumulative meta-analysis shows that the risk effect is stable. The strong assumption of a delay bias is supported by an ever-declining effect. ("lag time bias"). Although there are a number of software programs that perform meta-analysis, none of them have been expressly created for genetic association studies (assessing, for instance, the Hardy Weinberg equilibrium (HWE) or genetic models), and frequently using them requires bioinformatics or advanced statistical knowledge. Of course, they are unable to do cumulative and recursive cumulative meta-analyses of genetic association studies (GAS). The purpose of this thesis was to create an expert information system to carry out cumulative and recursive cumulative meta-analysis of genetic association studies (GAS) to study the relationship between gene variations and diseases. The web application can be executed in an easy-to-use environment and is available free of charge after registration through https://biomath.med.uth.gr.

Η επισσωρευτική μετα-ανάλυση ακολουθεί μια μεθοδική και όχι μια στατιστική προσέγγιση, για να δείξει τις εξελίξεις με την πάροδο του χρόνου. Η επισσωρευτική μετα-ανάλυση περιλαμβάνει επαναλαμβανόμενες μετα-αναλύσεις με την πάροδο του χρόνου πρόσφατα δημοσιευμένων μελετών σχετικά με το ερευνητικό ζήτημα. Αυτό σημαίνει ότι πραγματοποιείται μια μετα-ανάλυση κάθε φορά που δημοσιεύεται μια νέα μελέτη και οι συγκεντρωτικές εκτιμήσεις και τα διαστήματα εμπιστοσύνης όλων των μετα-αναλύσεων εμφανίζονται γραφικά με χρονολογική σειρά. Με αυτόν τον τρόπο, είναι δυνατό να προσδιοριστική αναδρομικά το χρονικό σημείο από το οποίο γίνεται εμφανής μια στατιστικά σημαντική επίδραση.Η ανάστροφη επισσωρευτική µετα-ανάλυση, υπολογίζει την σχετική µεταβολή (relative change) του αθροισµένου OR σε κάθε έτος δημοσίευσης (επισσωρευτικό OR στο επόµενο έτος / επισσωρευτικό OR στο τρέχον έτος). Μια συνεχώς φθίνουσα επίδραση αποτελεί ένδειξη για ύπαρξη συστηματικού σφάλματος λόγω χρονο-υστέρησης ("lag time bias"). Αν και υπάρχουν λογισμικά που εκτελούν μετα-ανάλυση, κανένα από αυτά δεν έχει κατασκευαστεί αποκλειστικά για μελέτες γενετικής συσχέτισης, και η χρήση τους συχνά απαιτεί προηγμένες γνώσεις στατιστικής ή βιοπληροφορικής. Φυσικά, κανένα από αυτά δεν εκτελεί επισσωρευτικές και ανάστροφες επισσωρευτικές μετα-αναλύσεις μελετών γενετικής συσχέτισης. Στόχος της παρούσας διατριβής ήταν η ανάπτυξη, ενός πληροφοριακού συστήματος για την γρήγορη αναγνώριση της σχέσης μεταξύ γενετικών πολυμορφισμών και νοσημάτων με την εκτέλεση επισσωρευτικής και ανάστροφης επισσωρευτικής μετα-ανάλυσης μελετών γενετικής συσχέτισης. Η διαδικτυακή εφαρμογή εκτελείται σε έναν εύχρηστο και φιλικό για τον χρήστη περιβάλλον και διατίθεται δωρεάν, μετά από εγγραφή, στον ιστότοπο https://biomath.med.uth.gr.